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“自然医学”的术语自19世纪才开始使用，但是其根源却可以追溯到几千年以前。自然医学蕴义深邃而又有广博的概念、范畴，且自成体系。它是人类共同创造的文明成果，吸收了中国、印度和希腊等国家的治疗学智慧。人类几千年追求健康，与疾病抗击的历史就是一部以自然医学为主流的历史。只是在近代二百年间，传统自然医学才一度几乎让位于现代医学。
生活在2400年前的希波克拉底医生通常被人们认为是自然医学的倡导人，特别是他提出的“自然能治愈一切疾病”的说法，和世界各地传统的医学理念不谋而合。即使在今天，“自然的治愈能力”仍是自然疗法的重要哲学理念。
自然医学的理念兴起于美国。1890年，卢斯特医生在美国开始使用术语“自然医学”去形容多种自然治疗原则的组合。1902年，卢斯特在纽约市创立了美国第一所自然医学学院，他教授的医学体系包括自然饮食、草药医学、顺势疗法、脊柱推拿、松弛疗法等。在1920年，从东海岸到西海岸，有成千上万的自然疗法医生和几十万接受自然疗法治疗的病人。
从20世纪早期到30年代的中期，自然医学经历了一个发展阶段。其后，以对抗疗法为代表的现代医学逐渐确立了其在国家卫生保健系统中的法律地位，自然医学的发展一度受到限制。
到了二十世界后期，随着社会的不断发展，人类寿命延长，生活节奏加快，环境污染加重。社会、心理、环境、饮食等因素对人类健康的负面影响不断增加。对抗疗法逐渐显露了其在某些治疗领域的局限性，而人类也开始意识到化学药品的毒副作用。
自然医学在治疗慢性病和改善患有轻微病症或某些不治之症的患者的生活质量方面所起到的重要作用，以及世界性回归自然的趋势，使强调返璞归真、人体整体平衡观念的自然医学在世界上的影响正日趋广泛。
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