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2001年5月，在北京召开的21世纪世界自然医学大会上，由联合国世界和平基金会主席刚坚倡议和领导，发表了《建立联合国世界自然医学组织（WMNO）宣言》，成立了世界自然医学组织。从此开创了人类顺应自然、运用自然医学来全方位地保护人类身心健康的新里程碑。
世界自然医学组织总部设在意大利米兰VIA MARCO POLO 13, 20124, MILAN, ITALY。美国总部注册在250
AIBANY STREET, SPRINGFIELD, MA 01105，USA。主席刚坚.洛桑土旦.赤列雅培仁波切。
世界自然医学组织遵守联合国相关组织章程和法规；响应世界卫生组织（WHO）“大力发展自然医学”的号召，执行WHO制定的传统医学，即自然医学战略；继承和总结自然医学的丰硕成果，结合现代生命科学的成功模式和方法，顺应自然，返璞归真，以人为本，开发自然医药和人体潜能；实现联合国提出的“人人享有卫生保健”的社会目标，争取在21世纪达到“人尽天年”的世界理想。
总部设执行局，执行主席和委员由总部主席任命。执行局下设组织委员会、基金委员会、科学委员会、教育委员会、顾问委员会和自然医学研究院等机构，均由总部主席授权和任命。
总部可在世界不同的国家和地区设立分支机构或代表处，分支机构与代表处在总部领导下开展工作，向总部缴纳会费和公积金，经济上独立核算。分支机构主席和代表处首席代表均由总部任命，经总部授权主持分部及代表处的全面工作，包括建立基层组织，任命分部副主席及代表处其他代表。各研究所所长、各中心主任、大学校长、基地主任等部门及机构负责人，报请总部批准备案。
资金来源为：世界和平基金会拨款，世界自然医学基金会项目基金，项目合作单位的资金投入，个人会员和集体会员缴纳的会费，国际社会单位、机构、个人的赞助资金。项目营运公司的上缴利润，世界各国政府、地方政府的资助款，及世界各地、不同机构、人士以不同方式，赠予世界自然医学发展的款项，包括合作款等。
为了促进与发展21世纪世界自然医学，世界自然医学组织总部决定成立“世界自然医学集团有限公司”， 并在条件成熟时建立系统的自然医学医院、疗养院、康复中心、保健中心、国际交流中心；国际自然医学大学、研究院、特医研究所；自然医学研究开发基地、生产基地、种植基地、自然保护绿色示范基地、药厂；世界自然医学组织档案馆、自然医学成果展示馆、自然医学网上图书馆等。大力发展自然医学，建立现代医学与自然医学相结合的21世纪世界崭新医学体系。
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